Pondok Buntet Pesantren, yang berada di wilayah Timur Cirebon, didirkan oleh Mbah Muqoyyim 1750. Pendirian Pesantren ini merupakan sebuah bentuk kekecewaan Muqoyyim yang sebelumnya menjabat sebagai penghulu di Keraton Kanoman Cirebon. Karena keberpihakan pihak keraton terhadap kolonial Belanda, Muqoyyim akhirnya memilih untuk keluar dari keraton dan mendirikan pesantren Buntet.
Mbah Muqoyyim memiliki hubungan yang sangat dekat dengan keraton. Jika merunut kebelakang, Ayah dari Muqoyyim yaitu Abdul Hadi, merupakan putra dari pasangan Pangeran Cirebon dan Anjasmoro, putri dari Lebe Mangku Warbita Mangkunegara. Abdul Hadi tinggal di keraton dan mendapatkan pendidikan ketatanegaraan dan juga pelajaran Islam.
Mbah Muqoyyim juga sempat tinggal di keraton. Hidup bersama kedua orang tuanya, Muqoyyim mendapatkan pendidikan yang cukup baik dari guru maupun orang tuanya. Bukan hanya pendidikan agama Islam dan ketatanegaraan saja, melainkan ilmu kedigdayaan juga dia pelajari. Melalui proses itulah, selain memiliki kemampuan dalam segi ilmu pengetahuan, Muqoyyim juga dikenal dengan Kiai sakti mandraguna.
Perpisahan Muqoyyim dengan keraton berawal saat adanya upaya Devide et impera (Politik Memecah Belah) yang dilakukan oleh Belanda kepada Keraton Kanoman.
Selain itu, Kekecewaan Mbah Muqoyim menjadi cukup memuncak setelah melihat bangsawan keraton terjebak dalam aturan Belanda. Banyak diantara mereka malah berprilaku bertentangan dengan syariat Islam dan malah meniru hal.-hal. jelek yang dilakukan oleh bangsa Belanda, seperti dansa dan mabuk-mabukan
Mbah Muqoyyim awalnya mendirikan Pesantren Buntet di kampung Kedung Malang Desa Buntet Kecamatan Astanajapura Cirebon. Beliau membangun rumah yang sangat sederhana dan juga langgar (Musholla) dan beberapa kamar santri. Saat beliau memberikan pengajian, ternyata banyak menarik masyarakat untuk bergabung belajar mengaji kepada beliau.
Belanda yang mengetahui kegiatan dan keberadaan Muqoyyim, langsung melakukan serangan dan percobaan penangkapan. Karena informasi tersebut sudah bocor, Mbah Muqoyyim akhirnya bisa menyelamatkan diri bersama sahabat dekatnya yaitu Kiai Ardi Sela menuju Desa Pesawahan Sindanglaut yang letaknya ± 10 Km dari Pesantren Buntet. Namun, pesantren yang sudah didirikannya hancur dibombardir oleh belanda. Peristiwa inilah yang menjadikan Mbah Muqoyyim sempat berpetualang ke wilayah pemalang dan akhirnya kembali ke Cirebon untuk membangun lagi pesantren Buntet di wilayah yang berbeda, yaitu di Blok Manis, Depok Pesantren Desa Mertapada Kulon.
